Bactériologie est la science qui étudie la biologie et la pathogénie des bactéries
Virologie est la science qui étudie la biologie et la pathogénie des virus
Ce module étudie la biologie et la pathogénie des espèces bactériennes et virales d'intéret médical, ainsi que les démarches diagnostiques des pathologies causées par ces germes.
Module annuel, coefficient 2. Avec cours, TD, TP
Les cours
Partie I/ Bactériologie médicaleI. Le monde microbien
II. Classification - Taxonomie des bactéries
1. Définitions de : classification, systématique, nomenclature
2. Rangs taxonomiques
3. Arbre phylogénique universel : règnes, domaines. genre et espèce.
4. Système binomial et principaux groupes bactériens d'intérêt médical.
III. Structure et anatomie fonctionnelle des bactéries
1. Capsule
2. Paroi
3. Membrane cytoplasmique
4. Cytoplasme : chromosome et plasmide
5. Flagelle et pili
6. Spore
IV. Physiologie bactérienne
1. Nutrition, métabolisme et croissance bactérienne
2. Nutrition : besoins élémentaires et énergétiques, facteurs de croissance.
3. Métabolisme bactérien
3.1. Métabolisme énergétique et glucidique
3.2. Respirations aérobie, anaérobie et voies fermentaires
4. Croissance bactérienne
4.1. Définition, moyens d'étude et cinétique de la croissance bactérienne
4.2. Conditions physico-chimiques de la croissance et pressions partielles d'oxygène
4.3. Applications
V. Génétique bactérienne
1. Mutations
2. Conjugaison
3. Transduction et bactériophages.
4. Transformation
5. Résistance aux antibiotiques : plasmides, transposons et intégrons
VI. Physiopathologie de l'infection bactérienne
1. Conflit hôte-bactérie et modes de transmission
2. Facteurs de pathogénécité
VII. Les antibiotiques
1. Classification, spectre d'activité et mode d'action
2. Les antituberculeux
3. Etude de la sensibilité : antibiogramme, CMI et CMB
4. Résistance bactérienne aux antibiotiques
VIII. Sérothérapie et vaccins antibactériens
IX. Les bactéries
1 Bacilles à Gram négatif aéro-anaérobie facultatifs>
1.1. Enterobacteriaceae
1.1.1. Généralités
1.1.2. Escherichia coli, Shigella, Salmonella, Klebsiella-
1.1.3. Enterobacter
1.1.4. Serratia, Proteus, Providencia, Morganella, Citrobacter, Edwardsiella. Yersinia.
1.2. Vibrionaceae , Aeromonas, Plesiomonas
1.3. Pasteurella - Hemophilus
2. Bacilles à Gram négatif non fermentaires : Pseudomonas - Acinetobacter
3. Bacilles à Gram négatif aérobies strict : Brucella - Moraxella
4. Bacilles à Gram négatif exigeants : Bordetella - Francisella - Legionella
5. Bacilles à Gram négatif microaérophiles : Campylobacter - Helicobacter pylori
6. Bacilles à Gram positif (à l'exception des anaérobies)
6.1. Corynebacterium diphteriae
6.2. Bacillus
6.3. Listeria-Erisypelothrix
7. Cocci à Gram positif
7.1. Staphylocoques-Microcoques
7.2. Streptocoques-Entérocoques
8. Cocci à Gram négatif : Neisseria meningitidis-Neisseria gonorrhoeae
9. Bactéries spiralées : les spirochètes : borrelia- Leptospira -Treponema
10. Mycobactéries
11. Mycoplasmes
12. Chlamydia
13. Bactéries anaérobies strictes
13.1. Bacilles à Gram positif non sporulés
13.2. Lactobacillus,Propionibacterium,Bifidobacterium, et Actinomyces
13.3. Bacilles à Gram positif sporulés : Clostridium botulinum, C. tetani, C perfringens
13.4. Bacilles à Gram négatif : Bacteroides du groupe fragilis, Prevotella et Fusobacterium
13.5. Cocci à Gram négatif : Veillonella et Cocci à Gram positif : Peptostreptococcus
Partie II/ Virologie médicale
A - Virologie générale
I. Structure et classification des virus
II. Multiplication des virus
III. Physiopathologie des infections virales
V. Chimiothérapie antivirale.
VI. Sérothérapie et vaccins antiviraux.
B - Les virus
I. Virus à ARN
1. Picornaviridae
1.1. Enterovirus : poliovirus, coxasackie virus, echovirus.
1.2. Rhinovirus
1.3. Hepatovirus : Virus de l'hépatite A (HAV)
2. Togaviridae : Virus de la rubéole
3. Virus de l'hépatite C(HCV) et virus de l'hépatite E(HEV)
4. Coronaviridae : Coronavirus humains
5. Rabdoviridae Lyssavirus : virus de la rage
6. Paramyxoviridae :
6.1. Virus parainfluenza 1 et 3- Virus des oreillons
6.2. Virus de la rougeole -Virus respiratoire syncytial
7. Ortomyxoviridae
7.1. Influenzavirus A : Virus de la grippe A-Influenzavirus B ( grippe B- Influenzavirus C
8. Retroviridae
8.1. Deltaretrovirus : Virus des leucémies et lymphomes T humains (HTLV)
8.2. Lentivirus : Virus de l'immunodéficience humaine(HIV)
9. Reoviridae : Rotavirus humains A et B
II. Virus à ADN
1 Herpesviridae
1.1. Simplexvirus : Herpès simplexvirus 1,2 - HSV1, HSV2
1.2. Virus de la varicelle et du zona (VZV)
1.3. Cytomegalovirus
1.4. Virus Epstein Barr(EBV)
2. Hepadnaviridae : virus hépatite B (HBV)
3. Papillomaviridae :Papillomavirus (HPV) et Parvoviridae : parvovirus B19
4. Adénovirus
Travaux pratique et dirige
I. Initiation et démarche diagnostique1. Examens microscopiques : Etat frais et examen après coloration :Gram ,Bleu de méthylène ,MGG -Ziehl Neelsen
2. Milieux de culture et techniques d'isolement et identification biochimique.
3. Cocci à gram positif et antibiogramme - CMI.
4. Bacilles à gram négatif et antibiogramme - CMI.
II. Diagnostic bactériologique des infections
1. Modalités de prélèvements.
2. Méningites : Examen cytobactériologique du LCR
3. Infections urinaires : Examen cytobactériologique des urines
4. Septicémies : hémoculture
5. Infections respiratoires : prélèvements de la sphère ORL et broncho pulmonaires
6. Tuberculose : expectorations (crachats).
7. Infections entériques : coproculture
8. Suppurations : ECB des pus
9. Infections génitales : prélèvements génitaux
III. Diagnostic sérologique en bactériologie
1. Définitions et intérêt
2. Techniques sérologiques
3. Sérodiagnostics :
3.1. Brucellose : Wright
3.2. Syphilis : TPHA et VDRL
3.3. Infection streptococciques
3.4. Fièvres typho-paratyphoidiques Widal et Félix
3.5. Autres : Leptospiroses : Martin et Petit- Rickettsioses-Borreliose.
IV. METHODES DE DIAGNOSTIC RAPIDE :
1. Recherche des antigènes bactériens solubles
2. Techniques de biologie moléculaire.
V. Diagnostic des infections virales, direct et indirect
